公司规章制度与劳动合同约定不一致，以哪个为准？
员工入职后，既签了劳动合同又学习认可了公司的规章制度，如果在实际工作中的行为违反了相关规定，那么应该以哪个主要规则为准呢?是按照劳动合同来处理还是公司的规章制度来处理呢?
鉴于这个问题比较普遍，我们借助一个案例来解释说明。
案情简介
案情简介：何某入职某公交巴士公司任驾驶员，双方签订了书面劳动合同。后来的某何某以患病为由请假3天，公司批准，但是后来经过核实发现其提供的《疾病证明书》系伪造，后来公交公司根据内部管理制度，向何某发出《解除劳动合同通知书》，以旷工三天为由解除其劳动合同。
何某申请劳动仲裁，要求恢复劳动关系，支付恢复劳动关系期间的工资及劳保、福利待遇，珠海市劳动人事争议仲裁委员会裁决驳回何某的全部仲裁请求。何某不服，遂诉至法院。
一审二审观点大不同
一审 / 公司违法解除劳动合同
一审法院认为，何某以虚假的《疾病证明书》向公交公司请病假，其行为是否严重违反公交公司规章制度，是本案争议的焦点。
首先，何某请假已被批准，并且未给公司带来损失。再者按公司制定的《薪酬管理制度》第四十六条规定，何某旷工三天，公交公司不能对何某给予开除处理。
《劳动合同书》的约定与《薪酬管理制度》的规定发生冲突的内容，应该以公司制度为准进行处理，所以请假3天并不是旷工，公司据此进行解雇，是违法的，何某继续履行原劳动合同的请求，一审法院予以支持。
二审 / 公司解除劳动合同系合法
二审的判法就不同了，法院认为如果个体劳动者与用人单位在劳动合同中有特别约定，只要不违反法律法规，都应当得到优先适用。况且本案中公交公司的《薪酬管理规定》颁布施行在劳动合同签署之前，劳动合同有新约定的，应当适用成立在后的劳动合同。
另外本案中何某实施变造虚假疾病证明骗取病假系违法行为，本案亦不宜按照“有利于劳动者”的审判理念保护有违法行为的实施者。
终何某诉求主张公交公司违法解除劳动合同并要求继续履行劳动合同、补发工资等，不能成立，二审法院予以驳回。
关于劳动合同与规章制度内容存在冲突时应如何适用的问题，虽然《高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(二)》第十六条规定，“用人单位制定的内部规章制度与集体合同或者劳动合同约定的内容不一致，劳动者请求优先适用合同约定的，人民法院应予支持”，但前述规定劳动合同效力高于规章制度，是建立在劳动者请求优先适用劳动合同基础上的，在劳动者没有请求优先适用劳动合同的情况下，劳动合同与规章制度内容存在冲突时应当如何适用，仍是一个极具争议的问题。
在现实实践中，往往是劳动合同是用人单位与员工的特殊约定，应当优先适用。如果规章制度的效力高于劳动合同的效力，则容易导致用人单位滥用规章制度的制定权，随意为员工设定“义务”，将损害员工的合法权益。
后我们建议：在制定、修改规章制度的过程中，应尽量避免规章制度间存在内容交叉、适用冲突的情况，同时对存在适用冲突的情况进行明确选择，避免无所适从。